Ojciec był z tego niezadowolony. Po swoim powrocie z wyprawy wziął syna do Florencji na dwór wielkiego księcia Franciszka Medici, by tam nabył manier dworskich. Alojzy jednak najlepiej czuł się w słynnym sanktuarium, obsługiwanym w Florencji przez serwitów, w kościele Annuntiata. Tu też przed ołtarzem Bożej Matki złożył ślub dozgonnej czystości. Jak głoszą jego żywoty, w nagrodę miał otrzymać przywilej, że nie odczuwał pokus przeciw anielskiej cnocie czystości.

W 1579 r. ojciec Alojzego został mianowany gubernatorem Monferrato w Piemoncie. Przenosząc się na tamtejszy zamek, zabrał też ze sobą Alojzego.

W następnym roku, z polecenia papieża Grzegorza XIII, wizytację kanoniczną diecezji Brescia odbywał św. Karol Boromeusz. Z tej okazji udzielił Alojzemu pierwszej Komunii świętej. Jesienią tegoż roku (Alojzy miał wówczas 12 lat) rodzice chłopca przenieśli się do Madrytu, gdzie na dworze królewskim spędzili wraz z Alojzym dwa lata. Alojzy nadal pogłębiał w sobie życie wewnętrzne przez odpowiednią lekturę. Rozczytywał się w dziełach św. Piotra Kanizego i w Ćwiczeniach duchowych św. Ignacego. Modlitwę swoją przedłużał do pięciu godzin dziennie. Równocześnie kontynuował swoje studia.

Wreszcie zdecydował się Święty na wstąpienie do zakonu jezuitów. Kiedy ojcu wyjawił swoje postanowienie, ten wpadł w gniew, ale stanowczy Alojzy nie ustąpił. Na korzyść swego brata, Rudolfa, zrzekł się prawa do dziedzictwa i udał się do Rzymu. W drodze zatrzymał się kilka dni w Loreto.

25 listopada 1585 roku wstąpił do nowicjatu jezuitów w Rzymie. Jak sam wyznał, praktyki pokutne, które zastał w zakonie, były znacznie lżejsze od tych, jakie sam sobie nakładał. Cieszył się jednak bardzo, że miał okazję do ćwiczenia się w wielu innych cnotach, do jakich mu zakon dawał okazję.

Jesienią 1585 r. Alojzy uczestniczył w publicznej dyspucie filozoficznej w słynnym Kolegium Rzymskim, gdzie olśnił wszystkich subtelnością i siłą argumentacji. Zaraz potem otrzymał święcenia niższe i został skierowany przez przełożonych na studia teologiczne.

Był na trzecim roku studiów, kiedy we wrześniu 1589 roku przybył do Kolegium Rzymskiego św. Robert Bellarmin. Wezwał on Alojzego, by powrócił do Castiglione i pojednał swojego brata Rudolfa z ojcem, który chciał wydziedziczyć syna tylko za to, że ten odważył się wejść w związki małżeńskie z osobą niższego stanu.

Po załagodzeniu sporu Alojzy wrócił do Rzymu na czwarty rok studiów teologicznych, który miał zakończyć święceniami kapłańskimi (1590).

Wyroki Boże były jednak inne. W latach 1590-1591 Rzym nawiedziła epidemia dżumy. Alojzy prosił przełożonych, by mu zezwolili posługiwać zarażonym. Wraz z innymi klerykami udał się na ochotnika do szpitala św. Sykstusa oraz do szpitala Matki Bożej Pocieszenia. Wyczerpany studiami i umartwieniami organizm kleryka uległ zarazie.

Alojzy zmarł jako kleryk, bez święceń kapłańskich, 21 czerwca 1591 r. w wieku zaledwie 23 lat.

Sława świętego Alojzego była tak wielka, że już w roku 1605 papież Paweł V ogłosił go błogosławionym. Kanonizacja jednak odbyła się dopiero w roku 1726. Dokonał jej papież Benedykt XIII wraz z kanonizacją św. Stanisława Kostki.

Tenże papież ogłosił w 1729 św. Alojzego patronem młodzieży zwłaszcza studiującej.

W 1926 roku papież Pius XI ogłosił św. Alojzego patronem młodzieży katolickiej.

Jego relikwie spoczywają w kościele Św. Ignacego w Rzymie.

W ikonografii św. Alojzy przedstawiany jest w sutannie jezuickiej, w białej komży z szerokimi rękawami. Jego atrybutami są: czaszka, Dziecię Jezus w ramionach, mitra książęca u stóp, krzyż, lilia, czaszka.