O późniejszym życiu i śmierci św. Tomasza znajdujemy informacje tylko w apokryfach – pismach o tematyce biblijnej, nie uznanych za wiarygodne i natchnione. Według tradycji św. Tomasz ewangelizował Fartów (Iran), zginął śmiercią męczeńską 3 lipca 72 roku w Kalamina w Indiach. Miał zostać przebity włócznią i właśnie włócznia jest jego atrybutem. Obok: na obrazie słynnego malarza hiszpańskiego, Velazqueza, święty trzyma również książkę – atrybut wszystkich apostołów.
Pochowano go w Mailapur (dzisiaj przedmieście Madrasu).
W III wieku relikwie przeniesiono do Edessy, potem na wyspę Chios.
W 1258 r. krzyżowcy przewieźli je do Ortony w Italii.
W apokryfach zawarte są opowieści o działalności misyjnej św. Tomasza na terenie dzisiejszego Iraku i Indii.
W jednej z nich znajduje się informacja jakoby święty wybudował pałac króla Guduphary w Indiach. Dlatego drugim atrybutem św. Tomasza jest często węgielnica: narzędzie budowlane służące do wyznaczania linii prostopadłych i sprawdzania, czy narożnik budowli ma rzeczywiście kąt prosty.
Św. Tomasz jest patronem Indii, Portugalii, Urbino, Parmy, Rygi, Zamościa; architektów, budowniczych, cieśli, geodetów, kamieniarzy, murarzy, stolarzy, małżeństw i teologów.
