W roku 1523 św. Ignacy udaje się do Rzymu, następnie - przez Wenecję - do Ziemi Świętej. Po długiej podróży, podczas której m.in. 2 razy był więziony pod zarzutem szpiegostwa, wrócił do Barcelony i - mając 34 lata - rozpoczął swoją edukację od szkolnej nauki łaciny. Studiował następnie na uniwersytecie w Alcali i Salamance.

Jego styl życia i gorliwość apostolska wzbudziły podejrzenia o przynależności do sekty, co spowodowało, iż św. Ignacy na dwa miesiące trafił do więzienia hiszpańskiej inkwizycji.

Uwolniony od zarzutów, św. Ignacy z Loyoli udaje się do Paryża na dalsze studia (studiował na Sorbonie, utrzymując się z jałmużny). W Paryżu gromadzi pierwszych oddanych towarzyszy, którzy stworzyli zalążek przyszłego Towarzystwa Jezusowego, składając dnia 15 sierpnia 1536 r. w kaplicy na Montmarte śluby: ubóstwa, czystości oraz pielgrzymowania do Ziemi Świętej i pracy wśród niewiernych (lub - gdyby wyjazd był niemożliwy - oddania się do dyspozycji papieża).

Na skutek wojny między Wenecją a Turcją planowany wyjazd do Ziemi Świętej nie mógł w tamtym czasie dojść do skutku. Św. Ignacy wraz z towarzyszami udał się zatem do Rzymu, gdzie zostali życzliwie przyjęci przez Pawła III, ówczesnego papieża. Zachęceni przez Ojca Św. przyjęli święcenia kapłańskie, oddali się posłudze chorym i ulicznemu nauczaniu prawd wiary. W drodze do Rzymu zaś Ignacy przeżył wizję, która umocniła go w pracy wokół formowania nowego zakonu.

W roku 1539 Ignacy i jego towarzysze (wśród nich bł. Piotr Faber i św. Franciszek Ksawery) podjęli decyzję stworzenia zakonu. Zredagowali tzw. Formułę Instytutu, którą uroczyście zaaprobował 27 września 1540r. papież Paweł III. Ignacy został wybrany przełożonym generalnym Towarzystwa.

W dalszym ciągu zajmował się też dziełami miłosierdzia i bezpośrednią działalnością duszpasterską.

Przede wszystkim jednak pracował nad Konstytucjami Towarzystwa i kierował rozrastającym się zakonem.

Św. Ignacy zmarł 31 lipca 1556 r.

Beatyfikował Ignacego Paweł V (1609r.), a kanonizował - razem z Franciszkiem Ksawerym - Grzegorz XV w roku 1622.

W roku 1922 Pius XI ogłasza św. Ignacego Loyolę patronem rekolekcji.