Dwa lata później został powołany na stanowisko rektora seminarium. Obowiązki pełnił do roku 1939. Wtedy Pius XI mianował go biskupem pomocniczym diecezji włocławskiej. Konsekrację biskupią otrzymał 13 sierpnia 1939 roku.

We wrześniu 1939 roku, po wybuchu wojny, nie opuścił swojej diecezji. Jego nieustraszona, pełna poświęcenia postawa stała się wzorem zarówno dla duchowieństwa, jak i dla ludzi świeckich. Niemcy aresztowali go 7 listopada 1939 roku.

Najpierw wraz z alumnami seminarium i kapłanami osadzony był w więzieniu we Włocławku. Od stycznia 1940 do 3 kwietnia 1941 internowano go w klasztorze księży salezjanów w Lądzie nad Wartą. Po wywiezieniu z Lądu więziony był w obozach w Inowrocławiu, Poznaniu, Berlinie, Halle, Weimarze i Norymberdze. Wszędzie ze względu na swoją niezłomną postawę, rozmodlenie i gorliwość kapłańską doznawał szczególnych upokorzeń i prześladowań.

Od lipca 1941 roku był więźniem obozu w Dachau, gdzie tak jak inni kapłani pracował ponad siły. Doświadczał tu wyrafinowanych szykan. Chociaż sam był głodny i nieraz opuszczały go siły, dzielił się swoimi racjami żywnościowymi ze słabszymi od siebie. Potrafił oddać ostatni kęs chleba klerykom. Odważnie niósł posługę duchowną chorym i umierającym, a zwłaszcza kapłanom.

W styczniu 1943 roku ciężko zachorował na tyfus. Gdy był już zupełnie wycieńczony, przeniesiono go na osobny "rewir".

26 stycznia 1943 roku został uśmiercony zastrzykiem.

Mimo prób ocalenia jego ciała przez więźniów, zostało ono spalone w krematorium.

Po bohaterskiej śmierci sława świętości biskupa Kozala utrwaliła się wśród duchowieństwa i wiernych, którzy prosili Boga o łaski za jego wstawiennictwem. Zaraz po wojnie zaczęto zabiegać o beatyfikację.

Ojciec Święty Jan Paweł II podczas uroczystej Mszy świętej 14 czerwca 1987 roku w Warszawie dokonał beatyfikacji biskupa Michała Kozala.

(www.brewiarz.pl)