Nauki humanistyczne wstępne oraz średnie wraz z retoryką pobierał Andrzej w jednej ze szkół jezuickich, prawdopodobnie w Wilnie. Tu zdobył sztukę wymowy oraz znajomość języka greckiego, która mu ułatwiła rozczytywanie się w ojcach greckich i dyskusje z teologami prawosławnymi. Dnia 31 lipca 1611 roku zgłosił się do Towarzystwa Jezusowego. Po dwóch latach nowicjatu w Wilnie złożył śluby. Następnie studiował filozofię na Akademii Wileńskiej. Po jej ukończeniu z wynikiem dobrym jako kleryk został przeznaczony do pracy pedagogicznej do jednego z kolegiów. Po dwóch latach nauczania młodzieży w kolegium w Braniewie, a potem w Pułtusku wrócił Andrzej na dalsze studia na Akademię Wileńską, które uwieńczył święceniami kapłańskimi dnia 12 III 1622.
W latach 1623-1624 był rektorem kościoła, kaznodzieją, spowiednikiem, misjonarzem ludowym i prefektem młodzieży w Nieświeżu. Jako misjonarz, o. Andrzej, obchodził wioski, chrzcił, łączył pary małżeńskie oraz nawracał prawosławnych. Wreszcie w roku 1652 oddaje się pracy misyjnej w Pińsku.
Tam też poniósł śmierć męczeńską.
Oto opis jego męczeńskiej śmierci:
W maju 1657 roku Pińsk zajął oddział kozacki pod dowództwem Jana Lichego. Najbardziej zagrożeni byli misjonarze o. Maffon i o. Andrzej Bobola. Obaj ratowali się ucieczką, by uniknąć zemsty prawosławnych za to, że wielu z nich nawrócili na wiarę katolicką. Dnia 15 maja o. Maffon został ujęty w Horodcu przez oddział Zielenieckiego i Popeńki, i na miejscu zamordowany. Św. Andrzej schronił się do Janowa, odległego od Pińska 30 km. Stamtąd udał się do wsi Peredił. Dnia 16 maja Kozacy wpadli do Janowa. Na wiadomość, że św. Andrzej jest w Peredilu, puścili się za Świętym w pogoń. Kiedy go złapali bardzo się ucieszyli. Kozacy zdarli najpierw ze Świętego suknię kapłańską i na pół obnażonego zaprowadzili pod płot. Przywiązanego do słupa zaczęli bić nahajami. Była wiosna. Wieśniacy pracowali w polu. Byli więc tego świadkami. Namowami i groźbami starali się zmusić o. Andrzeja, by się wyparł wiary katolickiej. Kiedy ten stanowczo odmówił, oprawcy ucięli gałęzie wierzbowe, upletli z nich koronę na wzór Chrystusowej i włożyli ją na głowę kapłana, ściskając ją coraz mocniej, tak jednak, by nie pękła czaszka. Potem zaczęto Świętego policzkować, aż wybito mu zęby. Wyrywano mu paznokcie i zdarto skórę z górnej części jego ręki.
Po tych mękach Kozacy odwiązali od płotu ofiarę, okręcili go sznurem, który przywiązali do koni i popędzając zwierzęta wlekli kapłana po drodze, kłując go lancami. W Janowie właśnie był targ. Zaczął gromadzić się tłum. Św. Andrzeja przyprowadzono przed dowódcę. A oto dialog, jaki się między katem i jego ofiarą wywiązał:
Jesteś ty księdzem?
Tak - odpowiedział Święty.
Moja wiara prowadzi do zbawienia.
Nawróćcie się.
Dowódca zamierzył się szablą i byłby zabił Świętego, gdyby ten nie zasłonił się ręką, która została zraniona. Zawleczono Świętego do pobliskiej, miejskiej rzeźni, rozłożono go na stole i zaczęto palić jego ciało ogniem. Oprawcy następnie wycięli kapłanowi skórę na głowie w kształcie koła aż do kości, na plecach wycięli mu skórę w formie ornatu. Rany posypywali sieczką.
Potem odcięto mu nos i wargi, wykłuto jedno oko. Kiedy zaś z bólu stale wzywał imienia Jezusa, w karku zrobiono otwór nożem i wycięto mu język.
Wreszcie Męczennika powieszono nogami do góry i uderzeniem szabli zakończono jego katusze.
Działo się to 16 maja 1657 roku. Na wiadomość, że do Janowa zbliża się poważny oddział wojsk polskich, Kozacy wycofali się z miasta.
Ciało męczennika przeniesiono do miejscowego kościoła. Stąd zabrali je jezuici do Pińska i pochowali w podziemiach kościoła klasztornego. Po latach o miejscu pochowania Męczennika zapomniano.
Dopiero Święty ukazał się we śnie rektorowi kolegium pińskiego i wskazał miejsce w krypcie pod ołtarzem głównym, gdzie znajdował się jego grób. Było to 16 kwietnia 1702 roku. Ciało znaleziono nietknięte rozkładem, mimo że znajdowało się w miejscu wilgotnym.
Kiedy zaczęły mnożyć się cuda za jego wstawiennictwem, podjęto starania o beatyfikację Męczennika. Niestety, kasata jezuitów, wojny i rozbiory Polski przerwały starania. Dopiero papież Pius IX ku wielkiej radości Polaków dokonał beatyfikacji o. Andrzeja 30 października 1853 roku. Odnalezione relikwie Świętego przenoszone były z miejsca na miejsce.
W roku 1922 po wybuchu rewolucji rosyjskiej zmumifikowane ciało św. Andrzeja przewieziono do Moskwy, do muzeum ateizmu. W roku 1923 rząd rosyjski oddał święte szczątki Męczennika Stolicy Apostolskiej do Rzymu. Umieszczono je w Watykanie w kaplicy św. Matyldy, a w roku 1924 w kościele jezuitów di Gesu (Jezusa) w Rzymie.
Na obrazach przedstawia się Andrzeja Bobolę w stroju jezuickim z mieczem zanurzonym w szyi.
Niech dzisiejszy święty Patron będzie dla nas wzorem umiłowania pana Boga i wytrwania przy Nim. Paweł Apostoł napisał w jednym ze swoich listów:
Jeszcze nie opieraliście się grzechowi aż do przelewu krwi.
Pamiętajmy o tych słowach i o przykładzie jaki zostawił nam św. Andrzej Bobola, kiedy przyjdzie pokusa do zła, do zaparcia się nawet ze wstydu lub strachu tego, że jestem katolikiem. Że jestem człowiekiem wierzącym. A to zawsze do czegoś zobowiązuje.
