Następne lata Bonawentura spędził w różnych klasztorach franciszkańskich w charakterze wykładowcy.

Musiał imponować niezwykłą wiedzą, świętością i zmysłem organizacyjnym, skoro na kapitule generalnej został wybrany przełożonym generalnym zakonu 2 lutego 1257 r., kiedy miał zaledwie 39 lat.

Wybór ten okazał się dla młodego zakonu opatrznościowym. Zakon przechodził wówczas trudny czas. Powstały bowiem dwie zwalczające się zaciekle frakcje: gorliwych (zelantów), którzy byli za zachowaniem pierwotnej reguły Ojca Franciszka, oraz zwolennicy reguły łagodniejszej, możliwej do zachowania także przez przeciętnych członków. To jednak groziło rozluźnieniem. Bonawentura umiał wybrać "złoty środek", a przez swoje roztropne zarządzenia nadał zakonowi właściwy kierunek.

Zakon miał również licznych zewnętrznych wrogów, patrzących nieprzychylnym okiem na liczne przywileje, dane mu od papieży. Jako przełożony Bonawentura umiał je obronić. Przez 16 lat swoich rządów (1257-1273) doprowadził zakon do niebywałego rozwoju.

W roku 1260 ułożył pierwsze konstytucje jako wykładnię reguły św. Franciszka. W ten sposób przeciął wieloraką dotąd jej interpretację. Dla tych zasług niektórzy historycy nazywają go drugim "Ojcem Zakonu".

Posiadał umiejętność łączenia życia czynnego i publicznego z bogatym życiem wewnętrznym. Miał wielkie nabożeństwo do Męki Pańskiej i ku jej czci układał przepiękne poematy.

Głośno było o nim także na dworze papieskim. Dlatego to papież Grzegorz X w 1273 r. mianował go kardynałem oraz biskupem Albano pod Rzymem. Delegacja papieża z wiadomością o nominacji zastała go przy myciu naczyń kuchennych w klasztorze.

Bonawentura musiał zrzec się urzędu przełożonego generalnego zakonu, a oddać się wyłącznie sprawom publicznym. Towarzyszył papieżowi w podróży do Mugello koło Florencji, a w listopadzie 1273 r. udał się do Lyonu na sobór powszechny. Otrzymał zaszczytne wyróżnienie wygłoszenia przemówienia inauguracyjnego na rozpoczęcie obrad.

Główny ciężar prac przygotowawczych do soboru spadł na barki Bonawentury. Wyczerpany tymi obowiązkami zmarł 15 lipca 1274 r. podczas trwania soboru w Lyonie.

W pogrzebie wziął udział papież i wszyscy ojcowie soboru w liczbie 500 biskupów i ok. 1000 prałatów i teologów. Pogrzeb miał więc królewski. Papież wygłosił mowę pogrzebową ku jego czci. Jego ciało złożono najpierw w zakrystii kościoła św. Franciszka.

A w roku 1450 w nowo wystawionej świątyni. Znaleziono wówczas język św. Bonawentury zupełnie nietknięty rozkładem, a nawet zaczerwieniony. Miał to być znak niezwykłego daru wymowy Bonawentury. Kronikarze notują, że tego dnia wielu chorych i kalek odzyskało zdrowie.

Był jednym z najwybitniejszych teologów średniowiecza. Pozostawił po sobie wiele traktatów i dzieł teologicznych. Składają się na nie konstytucje, liczne traktaty i komentarze teologiczne, 440 kazań i wiele innych. Bonawentura stworzył własną szkołę teologiczną.

Bullę kanonizacyjną Bonawentury ogłosił Sykstus IV w 1482 roku, a papież Sykstus V ogłosił go doktorem Kościoła (1588).

Św. Bonawentura jest patronem franciszkanów, matek oczekujących potomstwa, dzieci, robotników i teologów.

W ikonografii przedstawiany jest w habicie franciszkańskim z biskupim krzyżem na piersiach. Jako kardynał w cappa magna. Jako teolog nad pulpitem.

Jego atrybutami są: anioł przynoszący mitrę, kapelusz kardynalski trzymany przez anioła lub leżący u stóp, księga, krzyż w dłoniach, drzewo Krzyża Świętego (jest to aluzja do traktatu Lignum vitae), zwój.

(www.brewiarz.pl)